Sempre que for necessário mencionar número de nota fiscal, o padrão sugerido é ignorar os zeros à esquerda e os separados (pontos, traços e etc).
O mesmo se aplica ao número de série.
Exemplo:

Seguindo o padrão sugerido, o número da nota fiscal é 659 e a série é 1.
Toda nota fiscal está vinculada a algum empenho. Por isso, o padrão sugerido é que toda nota fiscal tenha o número do empenho no nome na árvore do SEI.
Dessa forma, utilizando a nota fiscal acima como exemplo, a nota fiscal ficaria da seguinte forma na árvore do processo:
Nota Fiscal NF 659 - 2025NE000255 (2889084)
O nome na árvore tem os seguintes componentes:

Observar os espaços e separadores entre cada componente.
A mesma estrutura se aplica para nomear documento do tipo:

No artigo sobre empenho vemos que, aparentemente, o número do empenho teria apenas três dígitos.

Em algum lugar, lá no fundo, os zeros ainda existem.
Para comprovar, veja o Portal da Transparência:

É por isso que a recomendação é para sempre colocar os zeros no número do empenho sempre que for necessário, como no exemplo acima, ao nomear os documentos relacionados à nota fiscal.
A recomendação é para sempre preferir pdf em vez de imagem e sempre utilizar recurso de reconhecimento de caracteres para possibilitar a busca no conteúdo do documento.

Versões recentes do Google Chrome fazem o reconhecimento de caracteres ao abrir o documento, mas essa informação não fica salva sendo necessário utilizar ferramentas específicas.